21 Mart 2012 Çarşamba

Life

Aşağıda, Bill Bryson'ın A Short History of Nearly Everything adlı kitabından hayatın başlangıcına dair girizgahı paylaşıyorum.

"In 1953, Stanley Miller, a graduate student at the University of Chicago, took two flasks—one containing a little water to represent a primeval ocean, the other holding a mixture of methane, ammonia, and hydrogen sulphide gases to represent Earth’s early atmosphere—connected them with rubber tubes, and introduced some electrical sparks as a stand-in for lightning. After a few days, the water in the flasks had turned green and yellow in a hearty broth of amino acids, fatty acids, sugars, and other organic compounds. “If God didn’t do it this way,” observed Miller’s delighted supervisor, the Nobel laureate Harold Urey, “He missed a good bet.”

Press reports of the time made it sound as if about all that was needed now was for somebody to give the whole a good shake and life would crawl out. As time has shown, it wasn’t nearly so simple. Despite half a century of further study, we are no nearer to synthesizing life today than we were in 1953 and much further away from thinking we can. Scientists are now pretty certain that the early atmosphere was nothing like as primed for development as Miller and Urey’s gaseous stew, but rather was a much less reactive blend of nitrogen and carbon dioxide. Repeating Miller’s experiments with these more challenging inputs has so far produced only one fairly primitive amino acid. At all events, creating amino acids is not really the problem. The problem is proteins.

Proteins are what you get when you string amino acids together, and we need a lot of them. No one really knows, but there may be as many as a million types of protein in the human body, and each one is a little miracle. By all the laws of probability proteins shouldn’t exist. To make a protein you need to assemble amino acids (which I am obliged by long tradition to refer to here as “the building blocks of life”) in a particular order, in much the same way that you assemble letters in a particular order to spell a word. The problem is that words in the amino acid alphabet are often exceedingly long. To spellcollagen, the name of a common type of protein, you need to arrange eight letters in the right order. But tomake collagen, you need to arrange 1,055 amino acids in precisely the right sequence. But—and here’s an obvious but crucial point—you don’tmake it. It makes itself, spontaneously, without direction, and this is where the unlikelihoods come in.

The chances of a 1,055-sequence molecule like collagen spontaneously self-assembling are, frankly, nil. It just isn’t going to happen. To grasp what a long shot its existence is, visualize a standard Las Vegas slot machine but broadened greatly—to about ninety feet, to be precise—to accommodate 1,055 spinning wheels instead of the usual three or four, and with twenty symbols on each wheel (one for each common amino acid).[35]How long would you have to pull the handle before all 1,055 symbols came up in the right order? Effectively forever. Even if you reduced the number of spinning wheels to two hundred, which is actually a more typical number of amino acids for a protein, the odds against all two hundred coming up in a prescribed sequence are 1 in 10260(that is a 1 followed by 260 zeroes). That in itself is a larger number than all the atoms in the universe.

Proteins, in short, are complex entities. Hemoglobin is only 146 amino acids long, a runt by protein standards, yjet even it offers 10190possible amino acid combinations, which is why it took the Cambridge University chemist Max Perutz twenty-three years—a career, more or less—to unravel it. For random events to produce even a single protein would seem a stunning improbability—like a whirlwind spinning through a junkyard and leaving behind a fully assembled jumbo jet, in the colorful simile of the astronomer Fred Hoyle.

Yet we are talking about several hundred thousand types of protein, perhaps a million, each unique and each, as far as we know, vital to the maintenance of a sound and happy you. And it goes on from there. A protein to be of use must not only assemble amino acids in the right sequence, but then must engage in a kind of chemical origami and fold itself into a very specific shape. Even having achieved this structural complexity, a protein is no good to you if it can’t reproduce itself, and proteins can’t. For this you need DNA. DNA is a whiz at replicating—it can make a copy of itself in seconds—but can do virtually nothing else. So we have a paradoxical situation. Proteins can’t exist without DNA, and DNA has no purpose without proteins. Are we to assume then that they arose simultaneously with the purpose of supporting each other? 

If so: wow."

Einstein'dan bir söz ile de kapayalım: 

“There are only two ways to live your life. One is as though nothing is a miracle. The other is as though everything is a miracle.”

----------

Yukarıdaki yazıyı elimden geldiğince Türkçe'ye çevirdim.


1953 yılında, Stanley Miller adında bir yüksek lisans öğrencisi University of Chicago’da eline iki deney tüpü aldı ve birine, ilkel dönemlerdeki okyanusları temsilen birazcık su, diğerine ise ilkel atmosferi temsilen metan, amonyak, hidrojen sülfür gazlarını koyup, iki tüpü birbirine lastik borular ile bağladı. Ardından, yeryüzüne düşen yıldırımları temsilen bu karışıma elektrik akımı uyguladı. Bir kaç gün sonra, tüplerdeki su, yeşil ve sarı renge bürünüp amino asitler, yağ asitleri, şeker ve diğer organik bileşenleri içeren bir çorbaya dönüştü. Bu olayın ardından Miller’ın hocası, - nobel ödüllü - Harold Urey, bu başarı karşısında kendinden geçerek, “Eğer tanrı bu işi bu şekilde yapmadıysa büyük fırsatı tepmiş.” diyecekti. 

Dönemin basınında çıkan haberler olayı, sanki tek eksiğin tüpleri "şöyle iyice bir çalkalamak" olduğu, hemen ardından hayatın – canlı organizmaların – ortaya çıkacağı gibi lanse ettiler. Ancak geçen zamanın bize gösterdiği gibi mesele o kadar da basit değildi. Bu deneyin üstünden geçen yarım yüzyıllık araştırmanın ardından bugün, hayatı sentezlemeye 1953 yılındakinden daha yakın değiliz. Hatta bunu yapabileceğimizi düşünmekten daha da uzağız. Biliminsanları bugün, ilkel çağlardaki atmosferin 1953 yılındaki deneyde varsayılan gaz çorbasından tamamen farklı olduğu noktasında eminler. İlkel çağlardaki atmosfer daha çok, reaktif azot ve karbondioksit gazlarından oluşmaktaydı. Miller’ın deneyini bu yeni zorlayıcı koşullarda tekrar etmek şimdiye kadar sadece bir ilkel amino asit oluşturmamıza vesile oldu. Her halükarda, amino asitleri yaratmak da asıl problem değil zaten. Asıl problem proteinler. 

Basit tabirle protein için, amino asitleri arka arkaya dizince elde ettiğimiz madde diyebiliriz. Ancak, arka arkaya dizmemiz gereken amino asit sayısı oldukça fazla... Hiç kimse kesin olarak bilmiyor lakin, insan vücudunda 1 milyon farklı tip proteion olduğu düşünülüyor ve her biri başlı başına küçük bir mucize. Tüm olasık hesaplamalarına göre, proteinler asla var olmamalı... Bir protein oluşturmak için - tıpkı bir kelime yazarken harfleri belirli bir sıra ile yerleştirdiğimiz gibi - amino asitleri de belirli bir düzen ve sıra ile birleştirmemiz gerekli. (Burda, geleneksel “hayatın yapı taşları” tabirini kullanmak zorundayım.) Problem şu ki, amino asit alfabesindeki kelimeler aşırı derecede uzun. Kolajen yazmak için – çok tipik rastlanan bir protein – 7 harfi doğru sıra ile yerleştirmemiz gerekirken kolajeni yapmak için, 1.055 amino asiti kati doğru suretle yerleştirmek zorundayız. Fakat – bir de çok açık ve can alıcı nokta var ki – kolajeni biz yapmıyoruz, onun kendi kendini – durduk yere – anlık şekilde – her hangi bir irade olmadan – yaptığını varsayıyoruz. İşte olasılık hesaplarının dışına çıktığımız nokta da tam olarak burası. 

Kolajen gibi 1.055 sıralı bir molekülün durduk yere – ansızın kendi kendini oluşturma ihtimali – açıkçası – sıfır. Böyle bir şeyin olma ihtimali “YOK”. Bunun ne denli zorlu bir iş olduğunu anlamak için Las Vegas vari şu kollu kumar makinelerinden birini hayal edin. Lakin muazzam şekilde genişlemiş bir makine, öyle ki, tam olarak 27 metre genişliğinde ve standart olan 3-4 tane dönen çark yerine her birinde 20 tane sembol olan (20 temel amino asiti temsil etmek üzere) yan yana 1.055 çarkın dizildiğini düşünün. 1.055 sembolün doğru şekilde gelmesi için kolu ne kadar çekmeniz gerekirdi? Efektif şekilde: Sonsuza değin. Dönen çarkların sayısını 200’e düşürdüğünüz takdirde dahi, - tipik bir protein için daha makul bir amino asit sayısı olarak kabul edebiliriz – 200 çarkın da istediğimiz sırayla gelme ihtimali 10^-260 (10 üzeri eksi 260) veya (1 bölü 10 üzeri 260) Bu, 1 rakamını takip eden arka arkaya 260 sıfır demek. Bu başlı başına kainattaki tüm atomlardan daha büyük bir sayı. 

Proteinler, kısaca, çok karmaşık yapı taşları. Hemoglobin mesela, (kanda oksijen ve karbondioksiti taşıyan madde) sadece 146 amino asit uzunluğunda – protein standartlarına göre bücür bi şey – buna rağmen onu elde ihtimali dahi 10^-190 olarak hesaplanıyor ki, (1 bölü 10 üzeri 190) (1’i takiben arka arkaya 190 sıfır) bunu ortaya çıkarmak bu yüzden Cambridge Universitesi kimyageri Max Perutz’un 23 yılını – aşağı yukarı tüm kariyeri – aldı. Rastgele olaylarla bir protein üretmek hayret verici şekilde olasılık dışı olarak duruyor. Astronom Fred Hoyle’un müstehzi bir gülümseme ile ifade ettiği gibi, "Sanki bir hurdalıkta çıkan bir hortumun ardında gıcır gıcır bir jumbo jet bırakıp ayrılması gibi." 

Ve lakin biz, bir kaç yüz bin proteinden bahsetmekteyiz, belki de bir milyon, her biri kendine özgü ve her biri sağlıklı ve neşeli bir “siz” oluşumunda can alıcı bir öneme haiz. Ve burda da bitmiyor... Proteinin işe yarar hale gelmesi için sadece doğru sıralanması da yetmiyor, bir tür kimyasal origami işlemlerinden geçip kendini doğru şekli oluşturcak şekilde katlaması da lazım. Bu karmaşık yapıya ulaştığında dahi bile bir protein kendini üretip çoğalamazsa size hiç bir fayda sağlayamaz – ve proteinler kendini çoğaltamaz. Bunun için DNA’ya ihtiyaç var. DNA, kendini kopyalama hususunda çok becerikli, bi kaç saniye içinde kendini kopyalabiliyor – ama bunun dışında neredeyse başka hiç bir şey yapamıyor. Yani, elimizde paradoksal bir durum söz konusu. Proteinler DNA olmadan var olamıyor ve DNA’nın da protein olmadan bir anlamı yok. O zaman bu ikisinin tam olarak aynı anda birbirini destekleme amacıyla ortaya çıktığını mı varsayacağız? 

Eğer öyleyse: WOW. 

Einstein’dan bir söz ile kapayalım: “Hayatı yaşamanın yalnızca iki yolu var. Birincisi, sanki mucize diye bir şey yokmuş gibi. İkincisi ise sanki her şey birer mucizeymiş gibi."

13 Mart 2012 Salı

La İlahe İllallah Hükmüyle İlgili Beş Makam Vardır

Bu konuyla ilgili beş makam vardır:

1. La ilahe illallah (Allah'tan başka ilah yoktur.)
2. La huve illa hu (O'ndan başka O yoktur.)
3. La ente illa ente (Sen'den başka Sen yoktur.)
4. La ene illa ene (Ben'den başka Ben yoktur.)
5. Kullu şey’in hâlikun illâ veche Hu (O'nun zatından başka her şey helak olur.)

Birincisinde, O'nun ilahlığı ispatlanıyor ve O'ndan başkasından ise nefyediliyor.

İkincisinde, O'nun hüviyeti ispat ediliyor, yani varlığı ispat ediliyor ve O'ndan başkasından nefyediliyor.

Üçüncüsünde, O'nun müşahade edilişi ispat ediliyor ve O'ndan başkasından nefyediliyor.

Dördüncüsü ise, müşahedeye göre daha yakındır. Çünkü müşahede ikiliğin ispatını da içerir. Ama bu ittihattır ki Hallac (r.a.) "Ben arzu etiğimim, arzu ettiğim benim." ifadesiyle işaret etmiştir. Şu halde nefis kadehi ne zaman celal sahibinin ünsiyet meclisinde, cemale şahit olan sakinin eliyle, sırf zuhur kıvılcımlarıyla dolarsa veya şua ve nur saflığına karışırsa "Rableri onlara tertemiz bir içki içirir." (İnsan, 21) - "Güçlü ve Yüce Allah'ın huzurunda hak meclisinde." (Kamer, 55) şeklinde bize bir hak vaat olarak söz verildiği letafet, hafiflik, temizlik ve iffet mahiyetli olmak üzere kendinden geçer, uçar gibi olur, coşar, döner ve hayatın hazzına varır ki hiç bir hayat, hiçbir lezzet, hiç bir sevinç ve güzellik, onunla mukayese edilmez. İşte bu ceberut yüceliğinden, parkalığından yansıyan nurlar nefsin ruhudur. Ruh, nefse aktığında nefis şevkle, aşkla uçuverir. Coşku bulma taşkınlığıyla sarhoşlar gibi "subhani ma a'zema şa'ni" (kendimi tenzih ederim, şanım ne yücedir) "ene'l hak ve la gayri" (hak benim, benden başkası yoktur) sözlerini terennüm eder.

Beşincisinde, celalinin hüviyeti ispat, uluhiyetinin kemali tahkik ediliyor ve nefiy ya da ispat şeklinde de ondan başkasına iltifat edilmiyor. Bilakis başkasının kendisine ve kendisinde fena bulmasından müstağni kılınıyor. O'ndan başkası görülmüyor, O'ndan başkası müşahede edilmiyor. Hiç bir şeye muhtaç olmayan O'ndan söz ediliyor. Makamların en yücesi, en üstünü budur. O'ndan sonra herhangi bir salikin izleyeceği bir yol, herhangi bir malikin sahip olacağı bir mülk yoktur. Tam bu esnada melekutun cebbarı, ceberutun kahharı şöyle der: "Bugün hükümranlık kimindir? Kahhar olan Tek Allah'ındır." (Mümin, 16)

Muhyiddin ibn Arabi (a.s.) - El-Bulga fil Hikmeh (Hikmette Son Nokta) 

11 Mart 2012 Pazar

"Varlıkta Hak ve Tek olan Allah'tan başka bir şey yoktur."

"Selef kuşağının faziletlilerinden, sonraki kuşakların büyüklerinden nakledilen meşhur bir sözdür: "Varlıkta Hak ve Tek olan Allah'tan başka bir şey yoktur." Arada bir fark fazlalığı olsa da halkın dilinde tekrarlanan "La ilahe illallah" sözünün anlamı budur. Fark şu ki: İkincisinde ilahlık sıfatı, Allah'tan başkasından nefyediliyor, bununla beraber sözlü olarak değilse de mefhum olarak başkasının varlığının caizliği gibi bir anlam da seziliyor.

Birincisinde ise, sözlü olarak O'ndan başkasından varlık tümüyle nefyediliyor. Varlığın nefyi sıfatların nefiyini de kapsar, ama sıfatların nefyi varlığın nefyini kapsamaz. Hiç kuşkusuz birincisi tevhid anlamı itibariyle daha vurgulu ve havasın şehadetini tahkik etme manasına daha nüfuz edicidir."

Muhyiddin ibn Arabi (a.s.)

9 Mart 2012 Cuma

Menzilleri kat etmekten maksat vuslata ermektir

Menzilleri kat etmekten maksat vuslata ermektir. Şayet menzilleri kat etmeksizin vuslata ermek imkanı doğuyorsa, buna rağmen menzilleri kat etmeye çalışmak oyalayıcı, geciktirici bir eylem, faydasız bir uğraş, daha doğrusu şirk ve şüphe mahiyetinde bir tavırdır.

Muhyiddin ibn Arabi (a.s.)

Android için Blogger Uygulaması

Google, Türkiye ile arasındaki anlaşmazlıklardan dolayı Blogger uygulamasını Türkiye sınırları içinde yüklememize izin vermiyor. İlk başta bu durum çok canımı sıkmıştı ancak bu dünyanın sonu değil. Bu adresten uygulamayı indirip cep telefonuna kurabiliyoruz, tıkır tıkır da çalışıyor.

7 Mart 2012 Çarşamba

Memories

You know it's funny what a young man recollects. Cause I don't remember being born and I don't remember when I went on my first outdoor picnic.

But I do remember the first time I heard the sweetest voice in the wide world.

I had never seen anything so beautiful in my life.

She was like an angel.